La ciudad es junto a San Roque y Tarifa uno de los tres municipios de la comarca en los que se ha iniciado la colocación de los contenedores marrones, de la fracción orgánica de residuos municipales, por parte de la empresa Arcgisa.

Esta fracción corresponde a los restos de la preparación o manipulación de la comida y elaboración de productos alimentarios, restos sobrantes de dicha comida, pieles de frutas y verduras, restos de carnes cocinadas y pescados, alimentos en mal estado o excedentes alimentarios que no sean comercializados o consumido y se encuentren separados en su embalaje. Junto a ellos también se incluyen restos de jardinería, plantas y hojarasca (residuos vegetales de pequeño tamaño o fracción vegetal procedente de jardinería o poda y de tipo no leñoso).
En ningún caso se deberán depositar en estos contenedores residuos que no sean orgánicos, ni aquellos que procedan de animales, tales como excrementos o pelos, además de pañales, colillas y toallas húmedas, sean de limpieza o de higiene, entre otros residuos.
Según lo declarado por el delegado de Servicios Mancomunados y Medio Ambiente de la institución comarcal, Manuel Abellán, esta primera fase de implantación alcanzará al 41% de los puntos de recogida de la fracción resto existente en el municipio, implantándose los contenedores marrones en 149 de los 360 puntos existentes.
Esta fase contempla además la coexistencia de dos tipos de contenedores, dotando a La Línea de equipamientos de carga bilateral, con dos rutas de recogida.
La implantación de estos nuevos contenedores, que se diferencian de los ya existentes por su tamaño y su tapa marrón,queda contemplada dentro de las inversiones subvencionadas por el Ministerio para la Transición Ecológica y Reto Demográfico y el Ministerio de Hacienda y Función Pública y da adecuada respuesta a las exigencias contempladas en la Ley de Residuos y Suelos Contaminados para una economía circular, en la que se pone de manifiesto la obligatoriedad de la recogida separada de biorresiduos en todos los municipios de España.
Esta primera fase de implantación que, en estos momentos, se centra en una distribución presencial de contenedores para favorecer su conocimiento y adecuado uso por parte de la población, de forma que tome un primer contacto con ellos y conozca los residuos que deben depositarse en este nuevo contenedor para un uso correcto del mismo.