AUNQUE EXISTEN EN LA COMARCA restos que confirman la presencia de grupos humanos durante el Paleolítico Inferior, fueron los clanes Neanderthalenses del Paleolítico Medio que los que sin duda, hace 50.000 años, ocupaban las cuevas de las inmediaciones, según prueba los huesos de osos, ciervos y diversos depredadores, así como de hachas bifaciales, cuchillos, raspadores y utensilios líticos de tipo musteriense hallados en yacimientos cercanos. Posteriormente, el istmo sería testigo del paso de navegantes orientales, así como de fenicios,griegos y cartagineses, atraídos por el comercio. Ya durante gran parte de la Edad Antigua las ricas pesquerías cercanas llevarán al istmo linense a conocer sus primeros asentamientos dedicados principalmente a la industria de los salazones. Pasando por el dominio bizantino, visigodo e islámico, los terrenos del istmo, se ocuparían por explotaciones agrícolas y ganaderas que subsistían junto a un asentamiento de pescadores, en las faldas del Peñón.
La historia del istmo se desarrollo entre importantes operaciones militares. La situación continua de guerra que vivió el istmo desde el siglo XIV provocaría que la zona quedase prácticamente despoblada hasta que, en 1502, los Reyes Católicos consiguieron anexionar el territorio y a los vecinos del Campo de Gibraltar. La propiedad real y legal de los arenales y baldíos del mismo en pago a los servicios prestados durante la reconquista del Reino de Granada. Ello llevaría a un período de prosperidad, interrumpido de nuevo en el siglo XVII por los saqueos de los piratas turcos y berberíscos durante el reinado de Felipe III que provocaron la construcción del sistema defensivo conformado por las Torres Vigía o Almenaras que se distribuyen a lo largo de toda la costa. Ya durante el siglo siguiente, y motivada por la toma británica de Gibraltar se alzaría la magna obra de fortificación que da origen a la ciudad: La Línea de Contravalación, de diseño auténticamente vanguardista para su época. Una construcción que fue destruida poco más de un siglo después, en 1810, tras la alianza hispano-británica para evitar que fuera utilizada por las fuerzas francesas contra Gibraltar.
Durante su historia el istmo ha visto la muerte de personajes tan ilustres como el Rey Alfonso XI de Castilla y León, victima de la peste al que sucedió en el trono el Infante Don Pedro, conocido como Pedro “El Cruel”; el militar y poeta José Cadalso, autor de las Cartas Marruecas y un largo etc.
Ya entonces existía un pequeño núcleo de civiles asentados en edificaciones que se afianzaría con la relajación de las severas restricciones militares y el levantamiento de la prohibición de construir edificaciones estables y que conocería una época de bonanza a finales del siglo IXX y principios del XX. Ya durante el reinado de Isabel II, sus vecinos consiguieron que le fuese reconocida una alcaldía pedánea que dio lugar, en 1870, al nacimiento de la nueva Villa de La Línea de la Concepción, llamada así por la Patrona del Arma de Infantería.